update Mon Feb 8 06:37:00 PST 2010
[pkgsrc.git] / wip / t-coffee / DESCR
1 T-Coffee is a multiple sequence alignment package. Given a set of
2 sequences (Proteins or DNA), T-Coffee generates a multiple sequence alignment.
3 Multiple sequence alignment programs are to align a set of sequences
4 previously gathered using other programs such as blast, fasta, etc.
5 T-Coffee allows one to combine results obtained with several aligment
6 methods. If one alignment is from ClustalW and second is from Dialigni,
7 T-Coffee will combine all that information and produce a new multiple
8 sequence having the best alignment from these methods.
9 By default, T-Coffee will compare all your sequences two by two,
10 producing a global alignment and a series of local alignments (using lalign).
11 The program will then combine all these alignments into amultiple alignment.