biology/bcftools/files/patch-Makefile

   1 --- Makefile.orig       2017-09-28 11:22:48 UTC
   2 +++ Makefile
   3 @@ -22,10 +22,10 @@
   4  # FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
   5  # DEALINGS IN THE SOFTWARE.
   6
   7 -CC       = gcc
   8 -CPPFLAGS =
   9 -CFLAGS   = -g -Wall -Wc++-compat -O2
  10 -LDFLAGS  =
  11 +CC       ?= cc
  12 +CPPFLAGS +=
  13 +CFLAGS   += -Wall
  14 +LDFLAGS  +=
  15  LIBS     =
  16
  17  DYNAMIC_FLAGS = -rdynamic
  18 @@ -42,26 +42,25 @@ OBJS     = main.o vcfindex.o tabix.o \
  19             vcfsort.o \
  20             ccall.o em.o prob1.o kmin.o # the original samtools calling
  21
  22 -prefix      = /usr/local
  23 +prefix      = ${PREFIX}
  24  exec_prefix = $(prefix)
  25  bindir      = $(exec_prefix)/bin
  26  libdir      = $(exec_prefix)/lib
  27  libexecdir  = $(exec_prefix)/libexec
  28 -mandir      = $(prefix)/share/man
  29 +mandir      = $(prefix)/man
  30  man1dir     = $(mandir)/man1
  31  # Installation location for $(PLUGINS)
  32  plugindir   = $(libexecdir)/bcftools
  33  pluginpath  = $(plugindir)
  34  # Installation location for $(MISC_PROGRAMS) and $(MISC_SCRIPTS)
  35 -misc_bindir = $(bindir)
  36 +misc_bindir = $(bindir)/samtools_misc
  37
  38  MKDIR_P = mkdir -p
  39 -INSTALL = install -p
  40 -INSTALL_DATA    = $(INSTALL) -m 644
  41 -INSTALL_DIR     = $(MKDIR_P) -m 755
  42 -INSTALL_MAN     = $(INSTALL_DATA)
  43 -INSTALL_PROGRAM = $(INSTALL)
  44 -INSTALL_SCRIPT  = $(INSTALL_PROGRAM)
  45 +INSTALL_DATA    = ${BSD_INSTALL_DATA}
  46 +INSTALL_DIR     = $(MKDIR_P)
  47 +INSTALL_MAN     = ${BSD_INSTALL_MAN}
  48 +INSTALL_PROGRAM = ${BSD_INSTALL_PROGRAM}
  49 +INSTALL_SCRIPT  = ${BSD_INSTALL_SCRIPT}
  50
  51  PROGRAMS = bcftools
  52  MISC_SCRIPTS = \
  53 @@ -77,7 +76,7 @@ all: $(PROGRAMS) $(TEST_PROGRAMS) plugin
  54
  55  ALL_CPPFLAGS = -I. $(HTSLIB_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS)
  56  ALL_LDFLAGS  = $(HTSLIB_LDFLAGS) $(LDFLAGS)
  57 -ALL_LIBS     = -lz -ldl $(LIBS)
  58 +ALL_LIBS     = -lz $(LIBS)
  59
  60  # Usually config.mk and config.h are generated by running configure
  61  # or config.status, but if those aren't used create defaults here.
  62 @@ -131,7 +130,7 @@ print-version:
  63  ifdef USE_GPL
  64      main.o : EXTRA_CPPFLAGS += -DUSE_GPL
  65      OBJS += polysomy.o peakfit.o
  66 -    GSL_LIBS ?= -lgsl -lcblas
  67 +    GSL_LIBS ?= -lgsl -lgslcblas
  68  endif
  69
  70  bcftools: $(OBJS) $(HTSLIB)
  71 @@ -273,7 +272,7 @@ docs: doc/bcftools.1 doc/bcftools.html
  72  # Since there is no make dependency, bcftools.1 can be out-of-date and
  73  # make docs can be run to update if asciidoc is available
  74  install: $(PROG) $(PLUGINS)
  75 -       $(INSTALL_DIR) $(DESTDIR)$(bindir) $(DESTDIR)$(man1dir) $(DESTDIR)$(plugindir)
  76 +       $(INSTALL_DIR) $(DESTDIR)$(bindir) $(DESTDIR)$(misc_bindir) $(DESTDIR)$(man1dir) $(DESTDIR)$(plugindir)
  77         $(INSTALL_PROGRAM) $(PROGRAMS) $(DESTDIR)$(bindir)
  78         $(INSTALL_SCRIPT) $(MISC_SCRIPTS) $(DESTDIR)$(misc_bindir)
  79         $(INSTALL_MAN) doc/bcftools.1 $(DESTDIR)$(man1dir)