Merge from vendor branch TNF:
Initial import of p5-Gnome2-1.042:

The Gnome2 module allows a perl developer to use the Gnome libraries.

The perl bindings follow the C API very closely, and the C reference
documentation should be considered the canonical source.

Initial import of p5-Gnome2-1.042:

The Gnome2 module allows a perl developer to use the Gnome libraries.

The perl bindings follow the C API very closely, and the C reference
documentation should be considered the canonical source.

Added graphics/p5-Gnome2-Canvas version 1.002

+ p5-Gnome2-Canvas.

Initial import of p5-Gnome2-Canvas-1.002:

The Gnome2::Canvas module allows a perl developer to use the
GnomeCanvas widget with Gtk2-Perl.

Like the Gtk2 module on which it depends, Gnome2::Canvas follows
the C API of libgnomecanvas-2.0 as closely as possible while still
being perlish.  Thus, the C API reference remains the canonical
documentation.

Merge from vendor branch TNF:
Initial import of p5-Gnome2-Canvas-1.002:

The Gnome2::Canvas module allows a perl developer to use the
GnomeCanvas widget with Gtk2-Perl.

Like the Gtk2 module on which it depends, Gnome2::Canvas follows
the C API of libgnomecanvas-2.0 as closely as possible while still
being perlish.  Thus, the C API reference remains the canonical
documentation.

Added devel/p5-Gnome2-GConf version 1.044

Initial import of p5-Gnome-GConf-1.044:

This module allows you to use the GConf configuration system in
order to store/retrieve the configuration of an application.  GConf
is a powerful configuration manager based on a user daemon that
handles a set of key and value pairs, and notifies any changes of
the value to every program that monitors those keys.  GConf is used
by GNOME 2.x.

Merge from vendor branch TNF:
Initial import of p5-Gnome-GConf-1.044:

This module allows you to use the GConf configuration system in
order to store/retrieve the configuration of an application.  GConf
is a powerful configuration manager based on a user daemon that
handles a set of key and value pairs, and notifies any changes of
the value to every program that monitors those keys.  GConf is used
by GNOME 2.x.

Added sysutils/p5-Gnome2-VFS version 1.081

+ p5-Gnome2-VFS.

Initial import of p5-Gnome2-VFS-1.081:

This module allows you to use the GNOME Virtual File System library
(libgnomevfs for short) from Perl.

Merge from vendor branch TNF:
Initial import of p5-Gnome2-VFS-1.081:

This module allows you to use the GNOME Virtual File System library
(libgnomevfs for short) from Perl.

Updated x11/p5-gtk2 to 1.221

Update to 1.221:

Overview of changes in Gtk2 1.221
=================================

* Properly wrap the binding for gtk_binding_entry_skip in version guards.
* Fix some build and test failures.

Updated devel/p5-pango to 1.221

Update to 1.221:

Overview of changes in Pango 1.221
==================================

* Properly export all our public symbols so that linking against us works on
  MSWin32.  (GNOME #576373)

Updated biology/gromacs to 4.5.1

Update to GROMACS 4.5.1
GROMACS 4.5.1 is bug fix release.

Release notes for 4.5

New features

  * Pencil decomposition of the reciprocal space PME grid to
    improve scaling. This reduces the amount of communication
    for high parallelization and improves load balancing with up
    to 40% overall performance improvement for large systems.
  * Memory usage is improved for very large systems, allowing
    simulations of >100 million atoms.
  * Running on a multi-core node now uses thread-based
    parallelization to automatically spawn the optimum number of
    threads in the default build. MPI is now only required for
    parallelization over the network.
  * Domain decomposition can now also be used without periodic
    boundary conditions
  * GPU acceleration support on NVIDIA cards. This first release
    with GPU support based on OpenMM provides up to an order of
    magnitude faster performance for implicit solvent simulations,
    but PME simulations are about as fast as on a high-end CPU.
  * Check-pointing is made more secure:MD5sum are used to verify
    that all files are correctly in-place before a simulation is
    appended. Output file appending at continuation is turned on
    by default.
  * Increased tolerance for networked file system failures and
    cluster node crashes: checkpoint handling is safer and mdrun
    forces file system cache flushes during checkpoints.
  * Full CMake support. After the 4.5 release we will be
    switching the default build tool from autoconf to cmake,
    and possibly deprecate autoconf in the future.
  * Full support for seven AMBER force fields in the standard
    distribution, with default Amber names. We also include the
    recent Amber99sb-ildn in the distribution.
  * Support for CHARMM27, including cmap for dihedrals
  * Efficient Generalized-Born implicit solvent support
    including the Still/HCT/OBC-models to compute the Born radii,
    a novel way of tabulating the generalized Born-interaction
    formula for greater speed, and optimized SSE-routines in both
    single and double precision.
  * Highly efficient all-vs-all assembly kernels for both vanilla
    and generalized born interactions, in both single and double
    precision.
  * Much better support for nucleic acid simulations, including
    automatic handling by pdb2gmx.
  * Support for Velocity-Verlet integrators for reversible T-
    and P-coupling; MTTK pressure control integrators;
    Nose-Hoover chains.
  * Symplectic Trotter Leap-Frog integrator for twin-range
    non-bonded interactions.
  * Support for Bennet acceptance ratio calculations through
    direct calculation of Hamiltonian differences during the
    simulation.
  * File formats: All GROMACS tools can now read any VMD
    supported trajectory format, without converting trajectory
    first. (VMD libraries are required).
  * pdb2gmx now retains the residue numbers from the input,
    mdrun and all tools use these original numbers.

New tools

  * g_bar: Bennett acceptance ratio (BAR) free energy calculations,
    including automatic error estimates and phase space overlap
    measures.
  * g_rdf was a little bit enhanced that structure factors can
    be calculated for any system, by supplying the necessary data
    via sfactor.dat. Most of the common atomtypes are already
    contained, but everybody who needs more freedom can enhance
    the table
  * g_select: Library support for "dynamic index groups" based
    on textual selections (experimental feature).
    See the tool g_select, the included template.c, or Doxygen
    documentation for information on how to write analysis tools
    using the library. Existing tools have not (yet) been
    converted.
  * g_tune_pme: For a given number of processes or threads this
    tool systematically times mdrun with various numbers of
    PME-only nodes and determines which setting is fastest. It
    also checks whether performance can be enhanced by shifting
    load between the real and the reciprocal space part of the
    Ewald sum.
  * g_membed: a very convenient utility for rapidly embedding
    membrane proteins into equilibrated lipid bilayers
  * g_pme_error: estimates the error of the electrostatic forces
    if using the SPME algorithm. TO be incorporated in g_tune_pme

Changes that might affect your results

  * grompp by default sets the new nstcalcenergy parameter equal
    to nstlist, this has no effect on the integration, only on
    the energy averages stored in ener.edr
  * grompp by default sets the new nsttcouple parameter equal to
    nstlist, this means T-coupling is done less frequently;
    grompp checks if tau_t is large enough
  * grompp by default sets the new nstpcouple parameter equal to
    nstlist, this means P-coupling is done less frequently;
    grompp checks if tau_p is large enough
  * mdrun results with old tpr files with twin-range non-bonded
    interactions will be different, because of the new symplectic
    integrator
  * for free-energy calculations sc-sigma now also sets the minimum
    soft-core sigma (old tpr files retain the old  behavior,
    which can be enforced by setting the env.var. GMX_SCSIGMA_MIN to 0)

Added fonts/AnonymousPro version 1.001

+ AnonymousPro.

Initial import of AnonymousPro-1.001:

Anonymous Pro (2009) is a family of four fixed-width fonts designed
especially with coding in mind. Characters that could be mistaken
for one another (O, 0, I, l, 1, etc.) have distinct shapes to make
them easier to tell apart in the context of source code.

Anonymous Pro also features an international, Unicode-based character
set, with support for most Western and European Latin-based languages,
Greek, and Cyrillic. It also includes special for those who need them.

Merge from vendor branch TNF:
Initial import of AnonymousPro-1.001:

Anonymous Pro (2009) is a family of four fixed-width fonts designed
especially with coding in mind. Characters that could be mistaken
for one another (O, 0, I, l, 1, etc.) have distinct shapes to make
them easier to tell apart in the context of source code.

Anonymous Pro also features an international, Unicode-based character
set, with support for most Western and European Latin-based languages,
Greek, and Cyrillic. It also includes special for those who need them.

make that the "silent" qmake feature flag is silently ignored, it is
incompatible with the way libtool support was hacked in (we were getting
something like "libtool --mode=compile echo compiling foo && cc foo.c ...")
bump PKGREVISION

remove entries for recent updates

ejabberd updated to 2.1.5

Updated chat/ejabberd to 2.1.5.

Short list of changes:
* Erlang/OTP R12 support fixed
* Erlang/OTP R14A support added
* OpenSSL 0.9.8 or higher is required
* BOSH: New optional connection attribute process-delay
* C2S: Don't ask for client certificate when using tls
* C2S: Inform client that SSL session caching is disabled
* CTL: Fix problem when FIREWALL_WINDOW options for erl kernel were used
* CTL: Some systems delete the lock dir; in such case don't use Flock at all
* Caps: Support all the hash functions required by XEP-0115
* Config: Fix typo in --enable-transient_supervisors
* Config: New configure option: --enable-nif
* Extauth: Support parallel script running
* MUC: Allow admins to see private rooms in disco
* ODBC: Correct handling of SQL boolean types
* ODBC: Discard too old queued requests (the caller has already got a timeout)
* ODBC: Fixes wrong SQL escaping when --enable-full-xml is set
* ODBC: Use ets insead of asking supervisor in ejabberd_odbc_sup:get_pids/1
* Pubsub: Enforce disco features results
* S2S: When logging s2s out connection attempt or success, log if TLS is used
* Shared Rosters: When account is deleted, delete also member
  of stored rosters

Updated devel/m4 to 1.4.15

Update to 1.4.15:

* Noteworthy changes in release 1.4.15 (2010-08-31) [stable]

** Fix regression introduced in 1.4.9b where the `format' builtin could
   crash on an invalid format string.

** Fix compilation against newer glibc, and on AIX 7.1BETA.

** A number of portability improvements inherited from gnulib.

Note the addition of liboauth-0.8.9

Add and enable liboauth

Import liboauth-0.8.9 into the Packages Collection.

This is an updated version of the liboauth package in pkgsrc-wip by
Kamel Derouiche, modified by myself not to have nss, doxygen, perl and
graphviz pre-requisites.

        OAuth (Open Authorization) is an open standard that allows users to
        share their private resources (e.g.  photos, videos, contact lists)
        stored on one site with another site without having to hand out their
        username and password.

        OAuth allows users to hand out tokens instead of usernames and
        passwords to their data hosted by a given service provider.  Each
        token grants access to a specific site (e.g.  a video editing site)
        for specific resources (e.g.  just videos from a specific album) and
        for a defined duration (e.g.  the next 2 hours).

        Thus OAuth allows a user to grant a third party site access to their
        information stored with another service provider, without sharing
        their access permissions or the full extent of their data.

        OAuth is a service that is complementary to but distinct from OpenID.

        liboauth is a collection of C functions implementing the OAuth
        Core 1.0 standard API.  liboauth provides basic functions to
        escape and encode parameters according to OAuth specs and
        offers high-level functions to sign requests or verify
        signatures.

Necessary these days for twitter applications; useful for flickr and many
others...

Merge from vendor branch TNF:
Import liboauth-0.8.9 into the Packages Collection.

This is an updated version of the liboauth package in pkgsrc-wip by
Kamel Derouiche, modified by myself not to have nss, doxygen, perl and
graphviz pre-requisites.

        OAuth (Open Authorization) is an open standard that allows users to
        share their private resources (e.g.  photos, videos, contact lists)
        stored on one site with another site without having to hand out their
        username and password.

        OAuth allows users to hand out tokens instead of usernames and
        passwords to their data hosted by a given service provider.  Each
        token grants access to a specific site (e.g.  a video editing site)
        for specific resources (e.g.  just videos from a specific album) and
        for a defined duration (e.g.  the next 2 hours).

        Thus OAuth allows a user to grant a third party site access to their
        information stored with another service provider, without sharing
        their access permissions or the full extent of their data.

        OAuth is a service that is complementary to but distinct from OpenID.

        liboauth is a collection of C functions implementing the OAuth
        Core 1.0 standard API.  liboauth provides basic functions to
        escape and encode parameters according to OAuth specs and
        offers high-level functions to sign requests or verify
        signatures.

Necessary these days for twitter applications; useful for flickr and many
others...

Updated devel/p5-Getopt-Simple to 1.52

Updating devel/p5-Getopt-Simple from 1.49nb2 to 1.52

pkgsrc changes:
- add license definition
- tidy

Upstream changes:
1.52  Sun Feb 21 12:55:13 2010
- Remove text 'All rights reserved' (for Debian licensing).
- Remove POD heads 'Required Modules' and 'Changes'.

1.51  Wed Feb 10 14:02:06 2010
- MANIFEST.SKIP updated to exclude MYMETA.yml. Add MYMETA.yml.

1.50  Fri Nov 13 13:20:00 2009
- Run dos2unix
- Rename Changes.txt to CHANGES

Updated devel/p5-Devel-Cover to 0.70

Updating devel/p5-Devel-Cover from 0.68nb1 to 0.70

pkgsrc changes:
- add license
- tidy

Upstream changes:
Release 0.69 - 28th August 2010
 - Correctly report on C<my $x = $y || return> and other shortcuts.
 - Put end to end tests in t/e2e.
 - Add test for regexp eval fail (Florian Ragwitz).
 - Fix some warnings from strict compilers (Florian Ragwitz).
 - Allow tests to run in parallel (Florian Ragwitz).
 - Test against 5.13.* development releases.
 - We now require Test::More to run the tests.

Updated devel/p5-Devel-Checklib to 0.7

Updating devel/p5-Devel-Checklib from 0.6nb1 to 0.7

pkgsrc changes:
- add license definition

Upstream changes:
0.7     2010-08-25      Add support for checking if a function exists
                          in a library and it returns the right value
                          (see RT #48332)
                        Add check_lib function

Updated devel/p5-Devel-CheckOS to 1.63

Updating devel/p5-Devel-CheckOS from 1.61nb1 to 1.63

pkgsrc changes:
- add license definition

Upstream changes:
1.63    2010-05-29      $^O for VOS is sometimes VOS, sometimes vos;
                        VOS supports POSIX shell redirections

1.62    2010-05-21      Add OS X 10.5 platform and EBCDIC family

Updated archivers/p5-Archive-Tar to 1.68

Updating archivers/p5-Archive-Tar from 1.66nb1 to 1.68

Upstream changes:
* important changes in version 1.68 17/08/2010
- Apply a patch from Colin Newell that checks whether long files can be created or
  not in 02_methods.t. Hopefully resolves RT #57312 and RT #56163

remove done/invalid p5-* TODO's

Updated devel/p5-Contextual-Return to 0.003.001

Updating devel/p5-Contextual-Return from 0.2.1 to 0.003.001

pkgsrc changes:
- add license definition

Upstream changes:
0.003001  Tue Jun 22 17:20:36 2010
    - Added Contextual::Return::FREEZE and Contextual::Return::DUMP
      to facilitate debugging
    - General clean-and-tighten of documentation
    - Added CLEANUP blocks
    - Added PUREBOOL context
    - [BACKWARDS INCOMPATIBLE CHANGE] Changed export interface
    - Added warning about (mis)behaviour of LVALUE, RVALUE, NVALUE
      under the debugger (thanks Steven)
    - Documented METHOD handlers

Updated devel/p5-Software-License to 0.102.340

Updating devel/p5-Software-License from 0.101.620nb1 to 0.102.340

Upstream changes:
0.102340  2010-08-22 23:25:01 America/New_York
          add PostgreSQL

0.102250  2010-08-13 09:54:29 America/New_York
          alter the output of None to look a bit less repetitive (ABRAXXA)

Updated www/p5-URI-Escape-XS to 0.08

Updating www/p5-URI-Escape-XS from 0.07nb1 to 0.08

Upstream changes:
$Revision: 0.8 $ $Date: 2010/07/16 07:52:31 $
! XS.xs
  The fix in RT#39135 did not address %XX
  reported by @kazuho via twitter DM

Updated www/p5-URI to 1.55

Updating www/p5-URI from 1.54nb1 to 1.55

Upstream changes:
2010-09-01   Gisle Aas <gisle@ActiveState.com>

   Release 1.55

   Gisle Aas (2):
      Treat ? as a reserved character in file: URIs
      " is not a URI character [RT#56421]

   Torsten F<C3><B6>rtsch (1):
      Avoid test failure unless defined $Config{useperlio}

Updated www/p5-HTML-Parser to 3.68

Updating www/p5-HTML-Parser from 3.67nb1 to 3.68

Upstream changes:
2010-09-01  Release 3.68

Gisle Aas (1):
      Declare the encoding of the POD to be utf8

Updated devel/p5-MooseX-NonMoose to 0.15

Updating devel/p5-MooseX-NonMoose from 0.14nb1 to 0.15

Upstream changes:
0.15  2010-08-20
      - Fix the fallback constructor call for hashref parameters (ribasushi,
        t0m, castaway).

Updated devel/p5-MooseX-Getopt to 0.33

Updating devel/p5-MooseX-Getopt from 0.31nb1 to 0.33

pkgsrc changes:
- adjusting dependencies

Upstream changes:
0.33 Thu 26 Aug 2010
  * Remove Test::Most from newly added test (RT#60766)

0.32 Thu 26 Aug 2010
  * Fix handling of Union types (RT#58417)

Updated devel/p5-MooseX-Singleton to 0.25

Updating devel/p5-MooseX-Singleton from 0.24nb1 to 0.25

pkgsrc changes:
- adjust dependencies

Upstream changes:
0.25 2010-08-22
    - Fixes for latest Moose. (Dave Rolsky)

Updated devel/p5-MooseX-SimpleConfig to 0.09

Updating devel/p5-MooseX-SimpleConfig from 0.07nb1 to 0.09

Upstream changes:
0.09 - Aug 15, 2010
  - Fix issue with MANIFEST

0.08 - Aug 13, 2010
  - Fix passing multiple config files to SimpleConfig.
  - Tests for this (zby)

Updated devel/p5-MooseX-Declare to 0.34

Updating devel/p5-MooseX-Declare from 0.33nb1 to 0.34

pkgsrc changes:
- adjusting dependencies

Upstream changes:
0.34  Wed, 01 Sep 2010 01:10:28 +0200
  * Depend on MooseX::MooseX::Signatures 0.36 to avoid deprecation warnings on
    new versions of Moose (Jeremy Carman).

Updated devel/p5-MooseX-Method-Signatures to 0.36

Updating devel/p5-MooseX-Method-Signatures from 0.35nb1 to 0.36

pkgsrc changes:
- Adjusting dependencies

Upstream changes:
0.36  Tue, 31 Aug 2010 23:36:19 +0200
  * Avoid deprecation warnings from new Moose version by depending on
    MooseX::LazyRequire 0.06 (Jeremy Carman).

Updated devel/p5-Class-Mix to 0.004

Updating devel/p5-Class-Mix from 0.003nb1 to 0.004

pkgsrc changes:
- add license definition
- add dependencies (from META.yml/Build.PL)

Upstream changes:
version 0.004; 2010-09-01
  * mro option for mix_class(), to control the method resolution order
    of the mixture class
  * prefix option for mix_class(), to control where the mixture class
    is located
  * document that PREFIX missing from genpkg() means "don't care",
    and change the actual default from "" to "Class::Mix::"
  * check for required Perl version at runtime
  * remove extra block around each sub definition, for readability
  * use full stricture in test suite
  * in Build.PL, explicitly declare configure-time requirements
  * remove bogus "exit 0" from Build.PL
  * add MYMETA.yml to .cvsignore

Updated devel/p5-Class-Accessor-Grouped to 0.09005

Updating devel/p5-Class-Accessor-Grouped from 0.09004 to 0.09005

pkgsrc changes:
- replace >=0 dependencies by -[0-9]*

Upstream changes:
0.09005 Wed Sep  1 04:00:00 2010
    - Again, remove Class::XSAccessor for Win32 sine it still breaks

mention recent updates/additions

+*omni*

add omniNotify-2.1, a CORBA Notification Service implementation based
on omniORB

Merge from vendor branch TNF:
add omniNotify-2.1, a CORBA Notification Service implementation based
on omniORB

add py-omniORBpy-3.4, Python bindings for omniORB, from
Tonnerre Lombard per pkgsrc-wip

Merge from vendor branch TNF:
add py-omniORBpy-3.4, Python bindings for omniORB, from
Tonnerre Lombard per pkgsrc-wip

Updated inputmethod/ibus-m17n to 1.3.1

Update ibus-m17n to 1.3.1.

* Implement setup UI.
* some bug fixes and improvements.

work around a configure check which looks for bind_textdomain_codeset(3)
only in libc but not in libintl: assume it is always there on NetBSD
(unbreaks gnome-sudoku and glchess of gnome-games)
bump PKGREVISION

update to 1.9
changes: many feature additions, bugfixes

revbump for sip API change

sync w/ base pkg

update to 2.4.5
This is a bug fix release.

update to 4.7.5
changes:
added QStringRef.__str__() and QStringRef.__unicode__() to the
 QString v1 API
the destruction by Qt of internally constructed QObject instances is now
 automatically detected
a signal defined with pyqtSignal() can now be used with methods that make
 an internal call to QObject::connect(), e.g. QTimer.singleShot()
added the --from-imports command line argument to pyuic4 and the
 from_imports argument to PyQt4.uic.compileUi()
added support for Python v3.2

update to 4.11
changes:
added the %UnitPostIncludeCode directive
/KeepReference/ will now accept a key to track when the same object
 is passed to more than one method
operator() and __call__() can now accept keyword arguments
added support for Python v3.2

pkgsrc note: runtime API changed, client pkgs need to be rebuilt

Updated security/gnupg2 to 2.0.16nb1

Some fixes at update to 2.0.16.
* not using autogen.sh anymore, so remove some tools from USE_TOOLS.
* patch-ak does not effect anymore for above reason, add patch-ao for it.
  this patch is required to avoid conflict with security/gnupg.

Bump PKGREVISION.

Updated databases/p5-DBIx-DBSchema to 0.39

Updating databases/p5-DBIx-DBSchema from 0.38nb1 to 0.39

Upstream changes:
0.39 Fri Mar 26 20:24:58 PDT 2010
        - mysql: TEXT->LONGTEXT
        - mysql: when reverse engineering, transform a default of
          CURRENT_TIMESTAMP into the more common NOW()
        - mysql: fix reverse-engineering of empty string default

Updated databases/p5-DBIx-Class-TimeStamp to 0.13

Updating databases/p5-DBIx-Class-TimeStamp from 0.12nb1 to 0.13

Upstream changes:
0.13 2010-05-21 18:20:00
    - Changing resolution of tests to not use seconds, RT #48385
    - Changing comparison in tests to support Test::More 0.96, RT #57746

Updated databases/p5-DBIx-Class-EncodedColumn to 0.00010

Updating databases/p5-DBIx-Class-EncodedColumn from 0.00009nb1 to 0.00010

Upstream changes:
0.00010        2010-08-27
- Support for crypt()

Revert last change.
Setting LD_LIBRARY_PATH is not required on Interix-3.5.

Note eekboard and xtest option.

Updated security/ruby-oauth to 0.4.3

Update ruby-oauth to 0.4.3.

== 0.4.3 2010-09-01

* Fix for em-http proxy (ichverstehe)

Updated textproc/p5-Text-FindIndent to 0.09

Updating textproc/p5-Text-FindIndent from 0.08nb1 to 0.09

Upstream changes:
0.09
- Add vim-commands output.

Describe vdpau. From Aleksey Cheusov.