Merge from vendor branch TNF:
add pkg for ipython-0.12, the next major release, adding a nice
qt4 console (if py-qt4 is installed) and a web notebook (also needs
additional pkgs, see the docs)
Its APIs are incompatible to ipython-0.11 (which is used by the
"accerciser" pkg), thus imported as a separate pkg.

add pkg for ipython-0.12, the next major release, adding a nice
qt4 console (if py-qt4 is installed) and a web notebook (also needs
additional pkgs, see the docs)
Its APIs are incompatible to ipython-0.11 (which is used by the
"accerciser" pkg), thus imported as a separate pkg.

Fix inline usage.

Fix standard compliance with regard to main. Bump revision.

Remove bogus inline.

Make loop finite. Bump revision.

Fix build with clang.

Fix loop in a way that likely terminates before the array overflows.

update to 1.5
changes:
-many more lexers
-bugfixes

update to 2.1.11
This syncs with the zeromq pkg.
incompatible change regarding IOLoop.READ/WRITE/ERROR constants,
see documentation for details

update to 1.6.1
changes: any new features, performance improvements and bug fixes,
Some highlights are:
-Re-introduction of datetime dtype support to deal with dates in arrays.
-A new 16-bit floating point type.
-A new iterator, which improves performance of many functions.

sync w/ base pkg

update to 1.1.0

many improvements, some cleanup, most notably:
-new graphics types and backends
-layout and legend improvements
-better 3d support
-Numerix support removed

Add "nls" option, defaults to on all systems except MirBSD. MirBSD does not
have gencat, which is needed for nls support.

ok wiz, no reply from maintainer.

As a workaround to PR pkg/46072, build Netatalk explicitely without
quota support for NetBSD 5.99.62 and newer, until we have patches
supporting the new quota interface.

Changes 2.4.5:
* The close() methods on connections and cursors don't raise exceptions if
  called on already closed objects.
* Fixed fetchmany() with no argument in cursor subclasses.
* Use lo_creat() instead of lo_create() when possible for better interaction
  with pgpool-II.
* Error and its subclasses are picklable, useful for multiprocessing interaction
* Better efficiency and formatting of timezone offset objects thanks to Menno
  Smits.
* Fixed rownumber during iteration on cursor subclasses. Regression introduced
  in 2.4.4.
* Added support for inet arrays.
* Fixed commit() concurrency problem.
* Codebase cleaned up using the GCC Python plugin's static analysis tool, which
  has revealed several unchecked return values, possible NULL dereferences,
  reference counting problems.

Note update of TYPO3 packages:

www/typo3_45 4.5.15
www/typo3_46 4.6.8

Update typo3_46 package to 4.6.8 (TYPO3 4.6.8).

Contains fix for XSS, https://typo3.org/teams/security/security-bulletins/typo3-core/typo3-core-sa-2012-002/.

2012-04-17  7bec4f3                  [RELEASE] Release of TYPO3 4.6.8 (TYPO3 v4 Release Team)
2012-04-17  e894089  #34348          [SECURITY] XSS in exception handler (Oliver Klee)
2012-04-17  da929e3                  [TASK] Raise submodule pointer (TYPO3 v4 Release Team)
2012-04-15  4fb406e  #36027          [BUGFIX] Localisation update doesn't work (Sebastian Fischer)
2012-04-14  a444816  #34742          [TASK] Change hardcoded URL to constant (dkd-egerer Sascha Egerer)
2012-04-14  32017dc  #33497,#34897   [BUGFIX] t3lib_http_Request can not be loaded in frontend (Philipp Gampe)
2012-04-13  efe107e  #34923          [BUGFIX] Hardcoded variable in CookieJar.php (Philipp Gampe)
2012-04-12  f1bb34c  #32581          [BUGFIX] Slider doesn't work in IE9 (Jigal van Hemert)
2012-04-12  88135a6  #35202          [BUGFIX] Fix the unit tests to work with PHPUnit 3.6 (Oliver Klee)
2012-04-12  f68a85e  #34860,#33685   [BUGFIX] Results from live search and opendocs can't be opened (Stefan Galinski)
2012-04-12  fbde347  #35905          [BUGFIX] Failing test in autoloader with phpunit 3.6 (Christian Kuhn)
2012-04-12  fed2e3c  #35897          [BUGFIX] Failing test in caching framework memcache backend (Christian Kuhn)
2012-04-11  87e9436  #35847          [BUGFIX] t3lib_div::getUrl() providing wrong error information (Ingo Renner)
2012-04-11  7825e7a  #35272          [BUGFIX] Enable XClassing of t3lib_install by replacing new (Kay Strobach)
2012-04-11  51d1dcf  #35126          [BUGFIX] Use state "excludeFromUpdates" in update check (Jigal van Hemert)
2012-04-10  e1c402f  #35257          [BUGFIX] ext_icon.gif for EXT:impexp (Georg Ringer)
2012-04-08  f4e9e59  #34695          [BUGFIX] missing parameter for implode (Jigal van Hemert)
2012-04-05  80946db  #31831          [BUGFIX] "Allowed excludefields" misses non-tt_content FlexForms (Kai Vogel)
2012-04-05  bd038d6  #32517          [BUGFIX] Set filename to downloaded resource in t3lib_compressor (Morton Jonuschat)
2012-03-29  2df8eda  #34625          [BUGFIX] preg_spliti should be preg_split (Georg Ringer)

Update typo3_45 package to 4.5.15 (TYPO3 4.5.15).

Contains fix for XSS, https://typo3.org/teams/security/security-bulletins/typo3-core/typo3-core-sa-2012-002/.

2012-04-17  7bd7fa7                  [RELEASE] Release of TYPO3 4.5.15 (TYPO3 v4 Release Team)
2012-04-17  34cd65d  #34348          [SECURITY] XSS in exception handler (Oliver Klee)
2012-04-17  03ed1e3                  [TASK] Raise submodule pointer (TYPO3 v4 Release Team)
2012-04-15  bd08193  #36027          [BUGFIX] Localisation update doesn't work (Sebastian Fischer)
2012-04-14  455c288  #34742          [TASK] Change hardcoded URL to constant (dkd-egerer Sascha Egerer)
2012-04-13  d92797c  #24884          [BUGFIX] Saving Page Tree states issues in large environments (cybercraft)
2012-04-12  89232cd  #35202          [BUGFIX] Fix the unit tests to work with PHPUnit 3.6 (Oliver Klee)
2012-04-12  573c480  #34860,#33685   [BUGFIX] Results from live search and opendocs can't be opened (Stefan Galinski)
2012-04-12  df51e20  #35897          [BUGFIX] Failing test in caching framework memcache backend (Christian Kuhn)
2012-04-11  174d81f  #35847          [BUGFIX] t3lib_div::getUrl() providing wrong error information (Ingo Renner)
2012-04-11  8d9854c  #35272          [BUGFIX] Enable XClassing of t3lib_install by replacing new (Kay Strobach)
2012-04-10  d5b2b13  #35257          [BUGFIX] ext_icon.gif for EXT:impexp (Georg Ringer)
2012-04-08  f9fe38e  #34695          [BUGFIX] missing parameter for implode (Jigal van Hemert)
2012-04-05  c49f742  #31831          [BUGFIX] "Allowed excludefields" misses non-tt_content FlexForms (Kai Vogel)
2012-03-29  2a25362  #34625          [BUGFIX] preg_spliti should be preg_split (Georg Ringer)
2012-03-28  a2b1f8c  #25021          [BUGFIX] Creating new pages via drag'n'drop respects page TS (Philipp Kitzberger)

Check for existing symlinks before overwriting config files in
PKG_SYSCONFDIR. From Edgar Fuß <ef@math.uni-bonn.de> on tech-pkg.

- xine-arts.

Fix typo in comment.

Add comments to patches

Add t-crtstuff to tmake_file on NetBSD amd64.

Updated fonts/umefont-ttf to 0.438

Update to 0.438

Changelog:
In Gothic (Sans-serif) family
 * Fix glyphs in Unicode : 0020-6727, 946d-ffff (first check)

In Minchi (Serif) family
 * Fix glyphs in Unicode : 0020-6727, 946d-ffff (first check)

Updated security/stunnel to 4.53
Updated mail/mew to 6.5

Update to 6.5

* patches/patch-bin_cmew is merged to upstream.

Changelog:
Mew 6.5 stable release (2012/04/16)

Mew 6.5rc2 (2012/04/05)

* Checking libwrap for stunnel.
* Supporting stunnel 4.53.
TAKANO Yuji <takachan>
* Disabling libwrap.
ARAI Shun-ichi <hermes>

Mew 6.5rc1 (2012/03/28)

* Workaround of cmew for Ruby 1.9.
Tatsuya Kinoshita <tats>
* mew-make-temp-name allows non-ASCII characters
Yoshinari Nomura <nom>

Mew 6.4.50 (2012/03/07)

* Supporting stunnel 4.51.
Seiji Ariga <ariga>
* Hilighting HTML produced by w3m.
* Fixing regex of mew-regex-ignore-scan-body-list.
Tatsuya Kinoshita <tats>
* Fixing cmew bugs.

Update to 4.53

Changelog:
Version 4.53, 2012.03.19, urgency: MEDIUM:
* New features
  - Added client-mode "sni" option to directly control the value of
    TLS Server Name Indication (RFC 3546) extension.
  - Added support for IP_FREEBIND socket option with a pached Linux kernel.
  - Glibc-specific dynamic allocation tuning was applied to help unused memory
    deallocation.
  - Non-blocking OCSP implementation.
* Bugfixes
  - Compilation fixes for old versions of OpenSSL (tested against 0.9.6).
  - Usage of uninitialized variables fixed in exec+connect services.
  - Occasional logging subsystem crash with exec+connect services.
  - OpenBSD compilation fix (thx to Michele Orru').
  - Session id context initialized with session name rather than a constant.
  - Fixed handling of a rare inetd mode use case, where either stdin or stdout
    is a socket, but not both of them at the same time.
  - Fixed missing OPENSSL_Applink http://www.openssl.org/support/faq.html#PROG2
  - Fixed crash on termination with FORK threading model.
  - Fixed dead canary after configuration reload with open connections.
  - Fixed missing file descriptors passed to local mode processes.
  - Fixed required jmp_buf alignment on Itanium platform.
  - Removed creating /dev/zero in the chroot jail on Solaris platform.
  - Fixed detection of WSAECONNREFUSED Winsock error.
  - Missing Microsoft.VC90.CRT.manifest added to Windows installer.

Version 4.52, 2012.01.12, urgency: MEDIUM:
* Bugfixes
  - Fixed write closure notification for non-socket file descriptors.
  - Removed a line logged to stderr in inetd mode.
  - Fixed "Socket operation on non-socket" error in inetd mode on Mac OS X
    platform.
  - Removed direct access to the fields of the X509_STORE_CTX data structure.

Version 4.51, 2012.01.09, urgency: MEDIUM:
* New features
  - Updated Win32 binary distribution OpenSSL DLLs to version 0.9.8s-fips.
  - Updated Android binary OpenSSL to version 1.0.0f.
  - Zlib support added to Win32 and Android binary builds.
  - New "compression = deflate" global option to enable RFC 2246 compresion.
    For compatibility with previous versions "compression = zlib" and
    "compression = rle" also enable the deflate (RFC 2246) compression.
  - Separate default ciphers and sslVersion for "fips = yes" and "fips = no".
  - UAC support for editing configuration file with Windows GUI.
* Bugfixes
  - Fixed exec+connect sections.
  - Added a workaround for broken Android getaddrinfo():
    http://stackoverflow.com/questions/7818246/segmentation-fault-in-getaddrinfo

PR/41750 -- use libftdi.

explicitly set EXTRACT_SUFX as KDE default has changed so no longer matches

Updated lang/gambc to 4.6.5

Update to Gambit C 4.6.5

Changes since version 4.6.3 include various build system fixes,
iOS REPL improvements, addition of Xlib examples.

Add DTrace (SystemTap resp.) support for relevant platforms

scamper update

Update to 20111202b  (PR pkg/46330)

* provide documentation for libscamperfile
* fix ping -O spoof
* fix tracelb and sniff bugs that cause scamper to crash
* fix sc_analysis_dump, sc_warts2pcap, and sc_wartscat man pages
* fix sc_warts2text to read from stdin if no files specified
* add -a (all) -m (pair method) and -n (use dns) options to sc_tracediff

* initial draft of a man page for the warts file format.
   man 5 warts.
* provide -O copyout option to scamper itself, which allows all
   data written over the control socket in "attach" mode to also
   be sent to a named file.  useful for debugging.  documented
   in the scamper man page.
* provide ability to specify the source address of a PTB in tbit.
* in attach mode, each command now returns a command ID as part
   of the OK response.  a command may be halted before it completes
   by issuing a halt command over the same control socket.
* when sanity checking the probe size requested in ping, take
   account of the timestamp IP option correctly.  noticed by
   Alistair.

* fix scamper man page to say -d can be used to set the ICMP checksum
   value in Paris traceroute.  noticed by Alistair.
* add scamper_addr_netaddr, a routine to mask the network portion of
   an IP address in a scamper_addr_t.
* fix scamper's ping to actually set the tos byte that is passed in.
   noticed by Alistair.
* fix scamper's ping to record ICMPv6 PTB messages.
* fix the result code set on sniff tasks when a sniff task is halted.
* fix compiler warnings

* correct copyright notices to reflect that, until 2006,
   I have copyright.  No change to GPLv2 license.
* Switch from select(2) to poll(2) by default, which is useful
   when more than a thousand fds are monitored for events.
   Force the use of select instead of poll by invoking scamper
   with -O select.
* Add support for kqueue (BSD) and epoll (Linux).  To use,
   specify -O kqueue or -O epoll when scamper is invoked.
* Fix a bug that could allow scamper to enter an infinite
   loop if a packet with malformed IP options is received.
* Add support for raw IP sockets, and use these to send
   TCP probes in traceroute if the datalink socket can't be
   used to transmit.
* Set SO_REUSEADDR on TCP sockets.
* Add a new traceroute method: IPv6 fragment traceroute.
   specify the offset to encode in the fragment offset with -o
* Fix file support so that if '-' is specified as the source of
   addresses to probe stdin is read, rather than stdout.  ensure
   the file is closed if an error is encountered when opening a
   file.
* Fix bug in MDA traceroute where some TCP responses from the
   target were ignored.
* Fix a potential memory leak in the neighbour discovery code
* Implement code to calculate statistics (min/mean/max/stddev)
   on ping results.
* Detach the writebuf before closing an attached control socket
* Silence all clang static analysis warnings.

* do not output scamper_debug to stderr if NDEBUG has been specified
* fix logic when -O rawtcp is used with tcptraceroute
* fix scamper event loop to drain sockets that are currently
   unreferenced
* fix scamper event loop to handle POLLHUP
* fix double-frees in scamper_sources.c
* fix small memory leak in scamper_sources.c, noticed by Stephen
* fix uname_wrap on 64bit systems, noticed by Stephen

* do not print "cat" when the -e option is used with sc_analysis_dump.
* fix mixing of sources according to their priority.
* when building the scamper binary, do not use the libscamperfile
   library.  instead, build all code into scamper to ensure scamper
   itself will always work.

Add support for gcc-4.7

Make sure that gcc47 JAVA_WRAPPERS don't break the _GCC_SUBPREFIX detection.

Add the lang/gcc47/buildlink3.mk file

Remove private K&R-style declaration of strpbrk() that broke the Linux
build.

Add gcc47

Added lang/gcc47 version 4.7.0

Import gcc-4.7.0 and lang/gcc47

GCC 4.7.0 is a major release, containing substantial new
functionality not available in GCC 4.6.x or previous GCC releases.

GCC 4.7 features support for software transactional memory on
selected architectures.  The C++ compiler supports a bigger
subset of the new ISO C++11 standard such as support for atomics
and the C++11 memory model, non-static data member initializers,
user-defined literals, alias-declarations, delegating constructors,
explicit override and extended friend syntax.  The C compiler adds support
for more features from the new ISO C11 standard.  GCC now supports
version 3.1 of the OpenMP specification for C, C++ and Fortran.

The link-time optimization (LTO) framework has seen improvements
with regards to scalability, stability and resource needs.  Inlining
and interprocedural constant propagation have been improved.

GCC 4.7 now supports various new GNU extensions to the DWARF debugging
information format, like entry value and call site information, a typed
DWARF stack and a more compact macro representation.

Extending the widest support for hardware architectures in the
industry, GCC 4.7 gains support for Adapteva's Epiphany processor,
National Semiconductor's CR16, and TI's C6X as well as Tilera's
TILE-Gx and TILEPro families of processors.  The x86
family support has been extended by the Intel Haswell and AMD Piledriver
architectures.  ARM has gained support for the Cortex-A7 family.

See

  http://gcc.gnu.org/gcc-4.7/changes.html

for more information about changes in GCC 4.7.

Merge from vendor branch TNF:
Import gcc-4.7.0 and lang/gcc47

GCC 4.7.0 is a major release, containing substantial new
functionality not available in GCC 4.6.x or previous GCC releases.

GCC 4.7 features support for software transactional memory on
selected architectures.  The C++ compiler supports a bigger
subset of the new ISO C++11 standard such as support for atomics
and the C++11 memory model, non-static data member initializers,
user-defined literals, alias-declarations, delegating constructors,
explicit override and extended friend syntax.  The C compiler adds support
for more features from the new ISO C11 standard.  GCC now supports
version 3.1 of the OpenMP specification for C, C++ and Fortran.

The link-time optimization (LTO) framework has seen improvements
with regards to scalability, stability and resource needs.  Inlining
and interprocedural constant propagation have been improved.

GCC 4.7 now supports various new GNU extensions to the DWARF debugging
information format, like entry value and call site information, a typed
DWARF stack and a more compact macro representation.

Extending the widest support for hardware architectures in the
industry, GCC 4.7 gains support for Adapteva's Epiphany processor,
National Semiconductor's CR16, and TI's C6X as well as Tilera's
TILE-Gx and TILEPro families of processors.  The x86
family support has been extended by the Intel Haswell and AMD Piledriver
architectures.  ARM has gained support for the Cortex-A7 family.

See

  http://gcc.gnu.org/gcc-4.7/changes.html

for more information about changes in GCC 4.7.

xmx

Rev the patchkit to remove a use of sys_nerr that tripped up the
Solaris build. PKGREVISION to 5 (not strictly necessary).

Erm, helps to cvs add the patch *before* committing.

Add missing <limits.h>, should fix Solaris build.

Add patch comments, add missing rcsid to patch-ai, fix some pkglint
and a couple other minor glitches.

When using strerror instead of sys_errlist, skip sys_nerr too. Should
fix the Solaris build.

No longer used by xine-arts.

Removed xine-arts.

Remove the package for the xine-arts plugin. The plugin was removed
from the package upstream, and now that kmplayer-kde3 is fixed nothing
is trying to use it, so keeping it around serves no further purpose.

Fix checksums for patches.

This is also, apparently, not MAKE_JOBS_SAFE.

Updated math/R-XML to 3.9.4

Update to XML v3.9-4 and regularize package files.

Previous wasn't complete (cost of cutting corners when build and commit
hosts aren't the same...)

More xine fixes; the ones to cope with xine_event_t member reordering
are obvious. The others are cribbed from the kdemultimedia3 xine patch
and I have no idea if they'll actually work.

Package now builds, at least for me.

Added R-geoRglm.

Updated math/R-geoRglm to 0.9.2

Import of geoRglm v0.9-2.

Functions for inference in generalised linear spatial models.  The
posterior and predictive inference is based on Markov chain Monte
Carlo methods.  Package geoRglm is an extension to the package geoR,
which must be installed first.

Merge from vendor branch TNF:
Import of geoRglm v0.9-2.

Functions for inference in generalised linear spatial models.  The
posterior and predictive inference is based on Markov chain Monte
Carlo methods.  Package geoRglm is an extension to the package geoR,
which must be installed first.

Reset maintainer, developer resigned.

Reset maintainer, developer resigned.

Reset maintainer, developer has left the building

Update to reflect license restrictions on commercial redistribution.

Add the Lucent Public License v1.02 to default_acceptable_licenses.  It is
approved as open source by OSI.

Add the Lucent Public License v1.02 to DEFAULT_ACCEPTABLE_LICENSES.  It is
approved as open source by OSI.

Fix build with current xine-lib.

Add missing pam.bl3.mk. (but, it builds on LP64 platforms now. yay!)

+ dar-2.4.5, ghostscript-9.05 [wip].

Added R-DBI and R-RPostgreSQL.

Updated math/R-RPostgreSQL to 0.3.2

Import RPostgreSQL v0.3-2.

Database interface and PostgreSQL driver for R.  This package provides
a Database Interface (DBI) compliant driver for R to access PostgreSQL
database systems.  A wiki and issue tracking system for the package
are available at Google Code at https://code.google.com/p/rpostgresql/.

Merge from vendor branch TNF:
Import RPostgreSQL v0.3-2.

Database interface and PostgreSQL driver for R.  This package provides
a Database Interface (DBI) compliant driver for R to access PostgreSQL
database systems.  A wiki and issue tracking system for the package
are available at Google Code at https://code.google.com/p/rpostgresql/.

Updated math/R-DBI to 0.2.5

Import R DBI v0.2-5.

A database interface (DBI) definition for communication between R and
relational database management systems.  All classes in this package
are virtual and need to be extended by the various R/DBMS
implementations.

Merge from vendor branch TNF:
Import R DBI v0.2-5.

A database interface (DBI) definition for communication between R and
relational database management systems.  All classes in this package
are virtual and need to be extended by the various R/DBMS
implementations.

Updated math/R-gstat to 1.0.10

Update to gstat v1.0-10, add LICENSE, and regularize package files.

Updated math/R-spacetime to 0.6.2

Added R-spacetime.

Import R-spacetime v0.6-2.

A package with classes and methods for spatio-temporal data.  In
particular, space-time regular lattices, sparse lattices, and
irregular data are supported, with limited support for trajectories,
but not for topologies with S/T interactions such as space-time
prisms.  Utility functions are provided for plotting data as map
sequences (lattice or animation) or multiple time series; for spatial
and temporal selection, as well as methods for retrieving coordinates,
for subsetting, print, summary, etc.

Merge from vendor branch TNF:
Import R-spacetime v0.6-2.

A package with classes and methods for spatio-temporal data.  In
particular, space-time regular lattices, sparse lattices, and
irregular data are supported, with limited support for trajectories,
but not for topologies with S/T interactions such as space-time
prisms.  Utility functions are provided for plotting data as map
sequences (lattice or animation) or multiple time series; for spatial
and temporal selection, as well as methods for retrieving coordinates,
for subsetting, print, summary, etc.

Updated math/R-xts to 0.8.6

Add R-xts.

Import R-xts v0.8-6.

Provide for uniform handling of R's different time-based data classes
by extending zoo, maximizing native format information preservation
and allowing for user level customization and extension, while
simplifying cross-class interoperability.

Merge from vendor branch TNF:
Import R-xts v0.8-6.

Provide for uniform handling of R's different time-based data classes
by extending zoo, maximizing native format information preservation
and allowing for user level customization and extension, while
simplifying cross-class interoperability.

Updated math/R-zoo to 1.7.7

Add R-zoo.

Import R-zoo v1.7-7.

An S3 class with methods for totally ordered indexed observations.  It
is particularly aimed at irregular time series of numeric
vectors/matrices and factors.  Zoo's key design goals are independence
of a particular index/date/time class and consistency with ts and base
R by providing methods to extend standard generics.

Merge from vendor branch TNF:
Import R-zoo v1.7-7.

An S3 class with methods for totally ordered indexed observations.  It
is particularly aimed at irregular time series of numeric
vectors/matrices and factors.  Zoo's key design goals are independence
of a particular index/date/time class and consistency with ts and base
R by providing methods to extend standard generics.

Updated math/R-RArcInfo to 0.4.12

Update to RArcInfo v0.4-12, added LICENSE and regularized package files.

Updated math/R-genetics to 1.3.6

Updated to genetics v1.3.6, added LICENSE (commented) and updated MAINTAINER.

Updated math/R-RColorBrewer to 1.0.5

Add R-RColorBrewer.

Import of RColorBrewer v1.0-5.

The packages provides palettes for drawing nice maps shaded according
to a variable.

Merge from vendor branch TNF:
Import of RColorBrewer v1.0-5.

The packages provides palettes for drawing nice maps shaded according
to a variable.