science/checkmol/pkg-descr

   1 Checkmol is a command-line utility program which reads molecular
   2 structure files in different formats and analyzes the input
   3 molecule for the presence of various functional groups and structural
   4 elements. At present, approx. 200 different functional groups are
   5 recognized. This output can be easily placed into a database table,
   6 permitting the creation of chemical databases with a functional group
   7 search option. Checkmol also outputs a set of statistical values derived
   8 from a given molecule, which can also be used for quick retrieval from a
   9 database. These values include: the number of atoms, bonds, and rings,
  10 the number of differently hybridized carbon, oxgen, and nitrogen atoms,
  11 the number of C=O double bonds, the number of rings of different sizes,
  12 the number of rings containing nitrogen, oxygen, sulfur, the number of
  13 aromatic rings, the number of heterocyclic rings, etc. The combination
  14 of all of these values for a given molecule represents some kind of
  15 "fingerprint" which is useful for rapid pre-selection in a database
  16 structure/substructure search prior to a full atom-by-atom match.
  17
  18 Matchmol complements the capabilities of checkmol. It compares two (or
  19 more) molecular structures and determines whether one of them is a
  20 substructure of the other one. This is done by a full atom-by-atom
  21 comparison of the input structures. Thus, matchmol can be used as a
  22 back-end program for structure/substructure search operations in
  23 chemical databases.
  24
  25 The port installs both checkmol and matchmol.
  26
  27 WWW: http://merian.pch.univie.ac.at/~nhaider/cheminf/cmmm.html